Conhecer as variações físicas, químicas e biológicas do rio São Marcos, de seus principais afluentes e do reservatório da Usina Hidrelétrica Serra do Facão é fundamental para manter a qualidade da água e da proteção da vida aquática, bem como para acompanhar as adaptações e reorganizações das plantas que vivem nesse ambiente, que podem causar danos e desequilíbrios aos ecossistemas. Por isso, caso ocorram situações imprevistas, serão tomadas medidas corretivas e mitigadoras.
O Programa de Monitoramento Limnológico e de Qualidade da Água teve início antes da formação do reservatório e será desenvolvido durante todo o período de operação da Usina Hidrelétrica Serra do Facão, registrando as características físicas, químicas e biológicas da água do rio.