Para a implantação do empreendimento foi necessária uma intensa movimentação de terra e rocha para a construção da Barragem, da Casa de Força, do Vertedouro e das demais estruturas que compõem a Usina. Além disso, outras estruturas existentes no canteiro de obras, como alojamentos, escritórios, refeitório, ambulatório, oficinas e áreas de britagem e bota-fora, interferiram na cobertura vegetal, causando modificações na paisagem e descaracterizando as camadas dos solos que dão sustentação à vegetação. Com o término das obras, essas áreas foram recuperadas por meio de um Plano de Recuperação de Áreas Degradadas (PRAD), restabelecendo a relação solo-água-planta.
Para evitar que tais áreas fossem degradadas desnecessariamente, o planejamento das obras incluiu um plano de ocupação dos espaços que integrou técnicas de conservação dos remanescentes vegetais e/ou de restabelecimento, se não igual, pelo menos o mais próximo possível das condições anteriores. As ações iniciaram com a coleta de sementes, estacas ou mudas de espécies nativas dos locais onde foi necessária a remoção da vegetação de áreas próximas para compor um viveiro.
Durante a implantação da Usina Hidrelétrica Serra do Facão, esse viveiro também foi utilizado para atividades de educação ambiental com estudantes, professores e visitantes. Após a conclusão das obras, o viveiro disponibilizou espécies vegetais para recomposição de algumas das áreas degradadas, reintegrando-as aos remanescentes florestais, de forma a restabelecer a dinâmica ambiental, estética e social desses lugares.
Nos taludes que apresentavam instabilidade foram construídas estruturas de drenagem, aplicando técnicas de controle de erosão e conservação do solo, além do plantio de espécies vegetais. O preparo do solo foi feito por meio da descompactação das camadas superficiais, adição de terra fértil, adubação e correção da acidez. Para uma rápida cobertura e recuperação do solo, através de um sistema radicular que controla os processos erosivos, foram utilizadas espécies vegetais rasteiras de gramíneas, além de espécies leguminosas e crucíferas. As leguminosas, por serem importantes fixadoras de nitrogênio, e as crucíferas, por desempenharem importante papel na produção de massa verde e no rompimento de possíveis camadas compactadas do solo por meio de suas raízes pivotantes.
A recomposição florística foi realizada com espécies pioneiras, secundárias e climácicas, produzidas no viveiro de mudas. Para o plantio, foram utilizadas técnicas adequadas de espaçamento, preparo das covas e adubação. A manutenção das mudas é feita periodicamente com coroamento, roçadas, controle de formigas, adubação complementar, aceiros e substituição de plantas mortas.
Todas as atividades de manutenção e plantio são realizadas sem a utilização de inseticidas, conforme determinação do IBAMA.