Nas Áreas de Preservação Permanentes do empreendimento a SEFAC vem fazendo a recomposição vegetal, utilizando técnicas de cercamento, nucleação e plantio integral de acordo com o grau de preservação dessas áreas. A recomposição é feita com mudas de espécies nativas, produzidas em viveiros, a partir de sementes coletadas na área de abrangência do empreendimento pelo Programa de Conservação da Flora. As plantas são separadas em grupos ecológicos, considerando as espécies pioneiras, que dão condições de sombra para as espécies climácicas e secundárias, que, por sua vez, fornecem sombreamento para as tardias.
As APPs mais preservadas, assim como as áreas reflorestadas, são protegidas com cerca de forma a delimitar, conservar e permitir o desenvolvimento da vegetação nativa. Nas áreas cercadas são mantidos corredores para dessedentação do gado conforme indicado no PACUERA – Plano de Conservação e Uso do Entorno de Reservatório Artificial.
Dessa forma a recomposição da APP busca a preservação da biodiversidade por meio da criação de corredores ecológicos conectando fragmentos preservados através do cercamento, nucleação e recomposição das APPs. Permite, assim, livre acesso de animais silvestres por áreas relativamente maiores, além do fluxo gênico das espécies vegetais nativas, garantindo a variabilidade genética e, consequentemente, a perpetuação das espécies.